Magento ha più di 100 tipologie di pagamento , è completamente integrato con i sistemi PayPal ed è possibile sviluppare sistemi di pagamento ad hoc a seconda delle esigenze aziendali. StudioZeroPixel ha installato con successo i sistemi di pagamento BancaSella attraverso l'acquisto e lo sviluppo di un modulo ad hoc.
Magento si interfaccia con i sistemi dei più importanti corrieri nazionali e internazionali , e in automatico può fornire all'utente delle tabelle di spese di trasporto.
La sicurezza è garantita dal sistema SSL sia sul sistema di commercio che sui sistemi di pagamento. E' possibile inoltre accettare bonifici anticipati o pagamenti alla consegna merce.
Il tutto integrabile con il gestionale aziendale.